Το Κέντρο Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης Μεσολογγίου (ΚΠΕ Μεσολογγίου) ιδρύθηκε με την 66659/Γ7/03-7-2006 Απόφαση του Υπουργού Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων. Στις 30 Νοεμβρίου 2007 υπογράφηκε σύμβαση 15ετούς διάρκειας ανάμεσα στο ΥΠΕΠΘ και το Δήμο της Μεσολογγίου, που προβλέπει:
Από την πλευρά του Δήμου:
Την παραχώρηση των απαραίτητων κτιριακών εγκαταστάσεων για στέγαση του ΚΠΕ, τον εξοπλισμό και τη φροντίδα των υποδομών του καθώς και την κάθε είδους στήριξη με τις διάφορες δημοτικές υπηρεσίες.
Από την πλευρά του ΥΠΕΠΘ:
Τη χρηματοδότηση του ΚΠΕ από ειδικούς λογαριασμούς, τη στελέχωσή του με εκπαιδευτικούς, την επιμόρφωσή τους και τέλος τη θεσμική, οικονομική και διοικητι-κή στήριξή του.
Το Κέντρο Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης στεγάζεται σε κτήρια που παραχώρησε ο Δήμος Μεσολογγίου στις Εργατικές κατοικίες ΙΙΙ (3) κοντά στο Λιμάνι Μεσολογγίου.


